barabab03 closed issue #11: rule featurecounts (und rseqc_read_distribution) at barabab03 / gene_expression_analysis

barabab03
2024-09-19T09:34:08Z

Dasselbe Problem, welches schon bei bedtools bestand:

results/round{wildcards.round}/star/align/{wildcards.species}/{sample}_Aligned.sortedByCoord.out.bam

und

gtf="results/round{round}/annotation/{species}_adjusted_annotation.gtf"

Das gtf (bed bei rseqc_read_distribution) passt zum Genom NACH dem consensus in runde {round}. Das bam kommt aber vom Mapping auf das Genom VOR dem consensus.