From 3124e86a761e393c9618f7984ce3e019900bf565 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: David Fischer <davidfischer99@gmx.de>
Date: Tue, 13 Jun 2023 20:16:19 +0200
Subject: [PATCH] put references in seperate dir

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 project2/resources/references/alpha.fasta     | 428 ++++++++++++++++++
 project2/resources/references/delta.fasta     | 428 ++++++++++++++++++
 project2/resources/references/omicron.fasta   | 428 ++++++++++++++++++
 project2/resources/{ => references}/ref.fasta |   2 +-
 4 files changed, 1285 insertions(+), 1 deletion(-)
 create mode 100644 project2/resources/references/alpha.fasta
 create mode 100644 project2/resources/references/delta.fasta
 create mode 100644 project2/resources/references/omicron.fasta
 rename project2/resources/{ => references}/ref.fasta (99%)

diff --git a/project2/resources/references/alpha.fasta b/project2/resources/references/alpha.fasta
new file mode 100644
index 0000000..c375201
--- /dev/null
+++ b/project2/resources/references/alpha.fasta
@@ -0,0 +1,428 @@
+>OL689430.1 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-CoV-2/human/CHE/B.1.1.7/2020, complete genome
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+ACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTTATG
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+TTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTTATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGATAACTTTTGTGCACT
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+CAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTGTAAAACTTGTGGACAACAGCAGA
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+ATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACACTGGTA
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+ATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGATGGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAGTTGGACAATTATT
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+TTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAACCTATTGTTTGGCA
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+CTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCATGGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGT
+CCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTACAACTACTAACATA
+GTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAATTGT
+GTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGT
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+TAGGTGTTTTAATGTCTAATTTAGGCATGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAACTC
+TACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCTATACCTTGTAGTGTTTGTCTTAGTGGTTTAGAT
+TCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTCATCTTTTAAATGGGATTTAACTG
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+GGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTCTTGGCTTATGTGG
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+TTTATTATGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTGTTA
+CAAACGTAATAGAGCAACAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAGGTCCTTTTATGTC
+TATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGCAAACTACACAATTGGAATTGTGTTAATTGTGATACATTCTGTG
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+TACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATGGTTCCATCCATCTTTACTTTGAT
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+ATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATCATC
+TGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTA
+GTGTCTGATGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTTAATACGTTTTCAT
+CAACTTTTAACGTACCAATGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAA
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+GAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTCACATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTT
+GTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACACCCCGTGACCTTGGTGCTTGTATTGA
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+GGTAAGCCAGTACCATATTGTTATGATACCAATGTACTAGAAGGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCC
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+TAGAGTGGTAACAACTTTTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATCAGAAGCTGGTGTT
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+AATTGGAACAAGCAAATTCTATGGTGGTTGGCACAACATGTTAAAAACTGTTTATAGTGATGTAGAAAAC
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+CACTTGTTCTTGCTCGCAAACATACAACGTGTTGTAGCTTGTCACACCGTTTCTATAGATTAGCTAATGA
+GTGTGCTCAAGTATTGAGTGAAATGGTCATGTGTGGCGGTTCACTATATGTTAAACCAGGTGGAACCTCA
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+ATGTTGGACTGAGACTGACCTTACTAAAGGACCTCATGAATTTTGCTCTCAACATACAATGCTAGTTAAA
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+CATGATGAGTTAACAGGACACATGTTAGACATGTATTCTGTTATGCTTACTAATGATAACACCTCAAGGT
+ATTGGGAACCTGAGTTTTATGAGGCTATGTACACACCGCATACAGTCTTACAGGCTGTTGGGGCTTGTGT
+TCTTTGCAATTCACAGACTTCATTAAGATGTGGTGCTTGCATACGTAGACCATTCTTATGTTGTAAATGC
+TGTTACGACCATGTCATATCAACATCACATAAATTAGTCTTGTCTGTTAATCCGTATGTTTGCAATGCTC
+CAGGTTGTGATGTCACAGATGTGACTCAACTTTACTTAGGAGGTATGAGCTATTATTGTAAATCACATAA
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+TTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGA
+AGAGCCCTAATGTGTAA
+
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similarity index 99%
rename from project2/resources/ref.fasta
rename to project2/resources/references/ref.fasta
index 7ca3347..b15a9f0 100644
--- a/project2/resources/ref.fasta
+++ b/project2/resources/references/ref.fasta
@@ -426,4 +426,4 @@ GTGCAGAATGAATTCTCGTAACTACATAGCACAAGTAGATGTAGTTAACTTTAATCTCACATAGCAATCT
 TTAATCAGTGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTAC
 GATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAAT
 TTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
-AAAAAAAAAAAAA
\ No newline at end of file
+AAAAAAAAAAAAA
-- 
GitLab