Für alle Schritte schauen welche Parameter der Tools man dem Nutzer über das configfile zugänglich machen kann. Als absolutes Minimum sollte der Nutzer für jedes Tool zumindest den gesamten Parameter-String übergeben können. Das was in der Snakemake (insb. Wrapper) Welt oft als "extra" verwendet wird.
seehagec01 (0d3f9a4c) at 19 May 16:44
fix #4 + final workflow
seehagec01 (d377dd55) at 11 May 12:48
added fastp params #4
seehagec01 (225e298c) at 11 May 10:14
added quast + multiqc rules
seehagec01 (c0588869) at 10 May 10:44
wd update
seehagec01 (f0f82661) at 10 May 10:41
updated snakefile
seehagec01 (51249571) at 10 May 10:40
shiver + seqkit
2>>{log}
statt 2>{log}
verwendenseehagec01 (4956b079) at 10 May 10:30
fix #5
resources/reference/reference.fa
regelnseehagec01 (936e9826) at 10 May 08:28
Hier sollten wir uns nicht das schlechte Benehmen von Shiver abschauen und in Arbeitsverzeichnis schreiben. Die beiden intermediate BAM Dateien sollten direkt an ihren finalen Ort geschrieben werden.
seehagec01 (04462ef9) at 10 May 08:16
fix #8
seehagec01 (92c6e37b) at 05 May 08:00
added kraken report for trimmed and unmapped files
seehagec01 (dcda03e0) at 05 May 07:29
updated log files
seehagec01 (c2dc4c98) at 05 May 07:27
iva producing contigs yay