Trimmomatic

• Trimmomatic braucht den Pfad zu den Adaptern. Aktuell steht dort TruSeq3-PE.fa, aber dazu müsste diese Datei im Arbeitsverzeichnis liegen. Am besten die adapter fa Dateien nach resources/adapter kopieren und den Pfad als Option im config file angeben lassen. In der Trimmomatic rule dann via params verwenden.
• Trimmomatic gibt vier fastq Dateien zurück. Die müssen im output spezifiziert werden
• Bei Verwendung der Conda Version muss man einfach trimmomatic anstelle von java jar trim... machen.
• rule map nimmt dann die getrimmten reads (forward_paired und reverse_paired siehe trimmomatic Doku)