Trimmomatic
-
Trimmomatic braucht den Pfad zu den Adaptern. Aktuell steht dort TruSeq3-PE.fa
, aber dazu müsste diese Datei im Arbeitsverzeichnis liegen. Am besten die adapter fa Dateien nach resources/adapter kopieren und den Pfad als Option im config file angeben lassen. In der Trimmomatic rule dann viaparams
verwenden. -
Trimmomatic gibt vier fastq Dateien zurück. Die müssen im output spezifiziert werden -
Bei Verwendung der Conda Version muss man einfach trimmomatic
anstelle vonjava jar trim...
machen. -
rule map nimmt dann die getrimmten reads (forward_paired und reverse_paired siehe trimmomatic Doku)