FastQC
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fastQC auf getrimmten reads fehlt noch
Tipp wie man um die doppelte rule für forward reverse rumkommt:
# mache den index (_1, _2) zu einer wildcard und wähle entsprechend die Spalte aus de samples
map_dict = {'1':'fq1', '2':'fq2'}
rule rawfastqc1:
input:
rf1 = lambda wildcards: samples.at[wildcards.sample,map_dict[wildcards.i]] if wildcards.sample in samples.index else ' '
output:
html="results/fastqc/{sample}_{i}_fastqc.html",
zip="results/fastqc/{sample}_{i}_fastqc.zip"
conda:
"../envs/yourenv.yaml"
log:
"workflow/report/fastqc/{sample}_{i}.log"
wrapper:
"v1.3.1/bio/fastqc"