FastQC

• fastQC auf getrimmten reads fehlt noch

Tipp wie man um die doppelte rule für forward reverse rumkommt:

# mache den index (_1, _2) zu einer wildcard und wähle entsprechend die Spalte aus de samples
map_dict = {'1':'fq1', '2':'fq2'}
rule rawfastqc1:
  input:
      rf1 = lambda wildcards: samples.at[wildcards.sample,map_dict[wildcards.i]] if wildcards.sample in samples.index else ' '
  output:
      html="results/fastqc/{sample}_{i}_fastqc.html",
      zip="results/fastqc/{sample}_{i}_fastqc.zip"
  conda:
      "../envs/yourenv.yaml"
  log:
      "workflow/report/fastqc/{sample}_{i}.log"
  wrapper:
      "v1.3.1/bio/fastqc"