Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik:

Thema: Molekulares-Docking

Methode, die die bevorzugte Orientierung eines Moleküls bezüglich eines anderen 
Moleküls oder eines Makromoleküls vorhersagt, um einen stabilen Komplex zu 
bilden.



Wissenschaftliche Texte und Online-Tools:


On the mechanisms of protein interactions: predicting their affinity from 
unbound tertiary structures (PubMed).

In dem ersten wissenschaftlichen Text geht es um einen Ansatz, der die Affinität 
ungebundener Tertiärstrukturen (hauptsächlich Proteine) vorhersagt. 
Der beschriebene Ansatz beruht auf ungebundene Protein-Strukturen und Protein-
Docking, um die Bindungsaffinität der angefragten Proteine vorausszusagen.
Dabei muss nicht unbedingt die Struktur des aus der Bindung entstehenden 
Komplexes bekannt sein.


Critical Evaluation of Search Algorithms for Automated Molecular Docking and
Database Screening (Google Scholar).

Der zweite Text handelt von der Optimierung eines Programms namens DOCK, das 
innerhalb eines aktiven Zentrums unterschiedliche Molekülorientierungen 
untersucht, in dem Atome auf vorher berechnete Stellen überlagert werden.
Dafür wurden verschiedene Suchmethoden mit einem single-dock-graph basierten
Matching-Algorithmus verglichen.
Mit dieser Arbeit wird nicht nur die Effizienz der Suche mit den vorher 
berechneten Stellen gegenüber randomisierte Suche gezeigt, sondern auch, dass
der von den Autoren vorgestellte Algorithmus wesentlich schneller arbeitet als 
der, der im DOCK schon implementiert ist.