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\begin{document}
	\begin{center}
		
		\Large{\textbf{Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik}}\\
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		\large{\textbf{Woche 3: Literatur-Review}}
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		\large{\textbf{Molekulares Docking im Gebiet des Wirkstoffdesigns}}
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	\end{center}
	
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\section*{Einleitung}	

Arzneistoffe spielen eine der bedeutsamsten Rolle in der heutigen Gesellschaft. Trotzdem stellt ihre Entwicklung eine riesige Herausforderung dar, denn mehrere Faktoren zu berücksichtigen sind: Zielmolekül muss spezifisch erreicht werden, Nebenwirkungen sollten so wenig wie möglich auftreten, Bestimmung der genauen Menge, usw. In den letzten Jahrzehnten hat sich allerdings die Anwendung Computer-Simulationen als leistungsfähige Werkzeuge gegenüber experimentelle Verfahren in diesem Prozess eingesetzt. Heutzutage sind Menschen dank dieser Methoden in der Lage bestimmte Daten zu analysieren, die ohne solche Ansätze nicht untersuchbar wären. Wissenschaftler sind nicht nur fähig mit neuen Daten zu arbeiten, sondern diese Verfahren liefern Ergebnisse auf eine schnellere und effizientere Weise. Zu diesen Verfahren gehört das Molekulare-Docking, das derzeitig zum Einsatz gebracht wird u.a., um neue Wirkstoffe zu entwerfen. Im Folgenden wird sowohl die Bedeutung dieser Methode im Bereich des Wirkstoffdesigns betont als auch die Schwierigkeiten, die dieses Werkzeug gegenüberstellt.\\

\section*{Definition}

Molekulares-Docking ist ein Verfahren, das die bevorzugte Orientierung eines Moleküls bezüglich eines anderen oder eines Makromoleküls vorhersagt, um einen stabilen Komplex zu bilden. Das Ziel dieser Vorgehensweise ist anhand der vorhandenen oder zu untersuchenden Strukturen die geeignete geometrische Anordnungen zu finden, um eine maximale oder ideale Bindungsaffinität der interagierenden Partnern zu erreichen. Dabei sind zwei Schritte essentiell, nämlich das sog. Sampling,  um die unterschiedliche Konformationen des Liganden im aktiven Zentrum des Enzyms auszuprobieren und die Benutzung einer geeigneten Scoring-Funktion, die diese simulierten räumlichen Anlagen des Zielkomplexes bewerten. 

\section*{Relevanz}

Als erstes könnte man die Effizienz des Dockings im Sinne der Geschwindigkeit betrachten
 

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Dies ist von großer Relevanz bei der Entwicklung von Arzneistoffen, denn in den meisten Fällen entfalten diese ihre Wirkung durch Bindung an bestimmte Rezeptoren oder an Enzyme, um ihre Aktivität auf direkte oder indirekte Weise zu regulieren.

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%Dabei sind Ligand-und Rezeptormoleküle, Bindemodus und  das  zu betrachten 
\section*{Herausforderungen}

Obwohl dieses Verfahren und seine Varianten optimale Ergebnisse liefern sind diese nicht perfekt oder Resultate an denen man sich vollständig darauf verlassen kann.%https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3413324/
Viele Docking-Programme betrachten die Enzyme als starr, selbst wenn sie "flexibel sind, denn bei Substratbindung zu Konformationsänderungen kommt. %http://www.biospektrum.de/blatt/d_bs_pdf&_id=1013753


	
\end{document}

