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WABaufgabew2.txt

-Wissenschaftliches Arbeiten in der Bioinformatik:
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-Thema: Molekulares-Docking
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-Methode, die die bevorzugte Orientierung eines Moleküls bezüglich eines anderen 
-Moleküls oder eines Makromoleküls vorhersagt, um einen stabilen Komplex zu 
-bilden.
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-Wissenschaftliche Texte und Online-Tools:
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-On the mechanisms of protein interactions: predicting their affinity from 
-unbound tertiary structures (PubMed).
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-In dem ersten wissenschaftlichen Text geht es um einen Ansatz, der die Affinität 
-ungebundener Tertiärstrukturen (hauptsächlich Proteine) vorhersagt. 
-Der beschriebene Ansatz beruht auf ungebundene Protein-Strukturen und Protein-
-Docking, um die Bindungsaffinität der angefragten Proteine vorausszusagen.
-Dabei muss nicht unbedingt die Struktur des aus der Bindung entstehenden 
-Komplexes bekannt sein.
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-Critical Evaluation of Search Algorithms for Automated Molecular Docking and
-Database Screening (Google Scholar).
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-Der zweite Text handelt von der Optimierung eines Programms namens DOCK, das 
-innerhalb eines aktiven Zentrums unterschiedliche Molekülorientierungen 
-untersucht, in dem Atome auf vorher berechnete Stellen überlagert werden.
-Dafür wurden verschiedene Suchmethoden mit einem single-dock-graph basierten
-Matching-Algorithmus verglichen.
-Mit dieser Arbeit wird nicht nur die Effizienz der Suche mit den vorher 
-berechneten Stellen gegenüber randomisierte Suche gezeigt, sondern auch, dass
-der von den Autoren vorgestellte Algorithmus wesentlich schneller arbeitet als 
-der, der im DOCK schon implementiert ist.
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